Die überlieferte Urkunde von 1243 nennt einen Hartungus von  W a l d e s a  in einer protokollierten Schenkungsangelegenheit an das Kloster Germerode.

Aus der Aufzeichnung des Klosters Fulda geht hervor, daß es seine Besitzungen um 800 n.C. bis an die Werra in unsere Gegend ausdehnte, Wahlhausen eingeschlossen. Die Schutzgerechtigkeiten dieser weit entfernten Güter übertrug Fulda an die Grafen Everstein, welche damit eine in Allendorf wohnende Pfännerfamilie - v o n  W a l d e s a - belehnten. Im Jahre 1264 kam der hessische Landgraf in den Besitz von Allendorf - Sooden und einige Zeit später auch zur Lehnhoheit über eine Hälfte von Wahlhausen. 1291 gibt Theodoricus von Waldesa sein Lehen an die Eversteiner Grafen zurück, welche danach die Familie aus der Mark von Worbeze < Worbis> damit belehnte. Da Letztere in große Geldschwierigkeiten kamen und die Hansteiner ihre Besitzungen bis an die Werra ausdehnen wollten, erfolgte zwischen 1356 und 1366 der Verkauf. In dieser Urkunde wird unser Dorf als "Wasser Waldesa" bezeichnet. Da diese Veräußerung an die Hansteiner im scharfen Gegensatz zu den hessischen Interessen stand und der Landgraf Wahlhausen als zum Stadtgebiet von Allendorf gehörig betrachtete, begann ein rund 100-jähriger Kampf um die Besitz- rechte.
In einer Urkunde des Allendorfer Stadtarchivs von 1372 verspricht der Landgraf, daß er Wahlhausen das er sich und seiner Stadt Allendorf zu Nutze zur Hälfte an sich gebracht habe, behalten und an niemanden verkaufen oder versetzen wolle.
Zwischendurch fand auch eine hessische Besetzung statt. Erst 1461 erkannte der Landgraf die Hansteiner Rechte an .
Aus der nächsten Periode nur einige herausragende Ereignisse;

1346 - ein gewaltiges Erdbeben in Thüringen, danach wütete die
             Ruhr und Pest, rund ein Viertel der Einwohner starb

1377 - schwere Verwüstungen der hansteinschen Dörfer (auch
            Wahlhausen) durch die Fehden der von Hanstein mit Hessen

1414 - 1506 - 1555 - 1581 - 1611 - 1625 sind weitere Pestjahre.

Um 1540,  in der Reformationszeit, wurde der Ort durch den Wechsel
            der Herrschaft zum lutherischen Glauben ebenfalls evangelisch.

Der dreißigjährige Krieg führte auch in Wahlhausen zu schweren Verlusten und Schaden durch Plünderung und Totschlag bei Adel und einfachem Volk.
Nach dem 30 jährigem Krieg war die Bevölkerung des Eichsfeldes auf ein Drittel des Vorkriegsstandes gesunken, doch im Laufe des nächsten Jahrhunderts begann eine relativ stabile Phase des wirtschaftlichen Aufschwungs, so daß sich die Einwohnerzahl von Wahlhausen auf über 500 erhöhte.

1718 - Bau der Patronatskirche des hier ansässigen Rittergeschlechts
            von Hanstein
1812 - Insgesamt 13 Wahlhäuser machten als Soldat in der französischen
            Armee den Rußlandfeldzug mit, nur 4 kamen zurück.
1813 - Aus Wahlhausen ließen sich 14 Mann anwerben um nach Frankreich
            mitzuziehen, zwei kamen nicht zurück.
Um 1800  - Die Bierbrauereien befanden sich in ihrer Hochblüte.Vier
             Brauereien produzierten wöchentlich etwa  3000  Liter.
1815 - Am Sonntag des 11. Juli gab es ein schlimmes Unwetter,
            wodurch Flur und  Wege  im Dorf ein ganz anders Ansehen  bekommen haben.
1828 - Die Bierbrauereien gehen  nicht mehr so gut. Das Wahlhäuser Bier verliert
            immer mehr  von seinem Ruhm. Es wird jetzt nur alle vier Wochen Bier
            gebraut.
1830 - Der neue Friedhof im Holbach wird angelegt. Auf diesem unebenen
            Rasenplatz, welcher vordem ,,Schindeldeich" hieß - standen zuvor
            Gemeindeobstbäume.
1905 - Die ersten fünf Straßenlampen werden in Auftrag gegeben.
1909 - Der Raiffeisenschuppen wird gebaut, erster Standort sollte das
            Werraufer gegenüber dem Oberhof sein, doch die Gemeinde ist dagegen.
1911 - wird erstmals die Staßenkurve nach Lindewerra wegen des stärker
            werdenden Verkehrs verbreitert.
1914 bis 1918 - Im 1. Weltkrieg müssen über 50 Männer des Ortes die
            Uniform anziehen. Dreizehn kehren nicht zurück.
1920 - Wahlhausen wird an das elektrische Stromnetz angeschlossen.
            Die Trasse kommt  aus Hessen  über die Werra an die Trafostation am
            Rain.  Einige Jahre vorher erzeugte der  Obermüller Hildebrandt mit
            einer eigenen Turbine schon Strom und  versorgt damit einen Teil der
            Einwohner.
1922 - Adolf Liebig findet auf der Heier beim Roden einer Eiche einen Schatz
            mit Silbermünzen aus der Zeit des 30-jährigen Krieges. Letzte Stücke
            davon hat seine Tochter Erna Henkler bis kurz vor ihrem Tode noch
            besessen.
1924 - Gustav Stallknecht eröffnet sein ,,Kaffee Werratal" in der Stra
            nach  Lindewerra.
1933 - Verbreiterung der Straße nach Dietzenrode und Aufbringen eines
            Teerbelages
1933 - Die nationalsozialistische Diktatur ist der Beginn einer für unseren Ort so
            verderblichen Entwicklung. Der zweite Weltkrieg kostete jedem sechstem
            männlichem Einwohner das Leben. Unter  Einbezug der nach dem Krieg hier
            seßhaft gewordenen Vertriebenen aus den deutschen Ostgebieten hatten wir
            insgesamt 34 Gefallene und Vermißte, eine sehr hohe Zahl. Viele  Häuser
            und Werke verschwanden, weil die Väter und Söhne nicht heimkehrten.